Можно ли выезжать из страны таможенного союза и возвращаться назад?

У нас в компании (в казахстане) работает гражданин рф, при вьезде получил миграционную карту и цель визита "работа". имеется трудовой догвор с компанией на год.
два месяца назад по семейным обстоятельствам выезжал в рф на две недели и вернулся назад (не увольнялся, просто брал без содержания).
теперь, время его трудового договора приближается к году и он решил уехать в рф, чтобы "обнулить" свой срок пребывания. на границе ему сказали, что его карточка не действительна и ему нужно заплатить штраф, так как заехав на год он не имел права покидать эту страну, а если покинул, то нужно было составлять новую карточку. что за муть такая?