Гражданин украины просрочил срок продления российской миграционки и хочет покинуть рф, какими последствиями это грозит?

Вы просрочили не срок миграционной карты, а разрешенный срок пребывания в рф. в зависимости от превышения срока пребывания в рф вам может быть закрыт въезд в рф на срок 3, 5 или 10 лет.
а таможенники, как пишут выше здесь вообще не при чем. это не их функция, смотреть за соблюдением миграционного законодательства, а также контролировать перемещение граждан через гг рф.
выехать сможете при наличии действительных документов, удостоверяющих личность